根据结构来预测未知酶功能的新方法

如果一种新发现的蛋白与已知的酶相似时,经常有可能来推断其功能,否则,结构-功能关系是非常难以判断的。现在,Johannes Hermann等人利用一种变通的分子对接方法(一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法),设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。试验用的酶是Tm0936,来自极端喜热的Thermotoga maritima。对接实验预测,它将使5-methylthioadenosine和S-adenosylhomocysteine去胺化;这一点已在化学上、并从与一个反应产物相结合的该蛋白的X-射线晶体结构得到了证实。这种酶没有与已知的腺苷胺化酶相似的明显序列,甚至它所参与的通道似乎也是新颖的。如果这一新方法也适用于其他酶,那么它应当成为一种有力工具,来确定关键的酶在体内是如何发挥作用的。




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